有機耕作的主導原則是與自然的和諧，包含的因素主要由人、植物、動物和土地組成。其目的在于：在農田形成閉合營養循環，農田建立自身供給和營養基礎，保持和增加土地營養，并且在一定程序上保證對動物的福利。
有機耕作的著眼點在于可持續發展。它在主要范圍內保護自然資源，并且對環境有多種積極影響。
土壤保護
有機耕作方法促進腐殖質和土壤動植物機制的形成。在有機耕作的農田和草場，通常有比傳統耕作地方更多的生物和更強的微生物活動。天然土壤肥沃度也更高，很大程度上避免了由腐蝕產生表土層流失。
水資源保護
通常來講，有機耕作對土壤或地表水的營養劑方面的污染，如硝酸鹽，比傳統耕作少。因為它避免使用合成化學材料，所以不含那些殺蟲劑污染。由于有機畜牧是一項與土地有關聯的行為，通常糞肥和泥漿可增加營養成分，將它使用在農田與直接用于植物相比，同樣簡單?！∥锓N保護 有機耕作推進動植物多樣化，因為它避免使用合成化學殺蟲劑，人工對土壤營養影響程度低。通常情況下，有機耕作農田里物種數量比傳統耕作農田里多。
動物福利
動物友好型的畜牧與有機耕作的原則相符合，并且是有保障的。在有機耕作中，動物可以有更充足的機會接觸自然，對它們的生存環境有利。
